Tanto la Dirección General de Ordenación, Innovación y Promoción Educativa de la Consejería de Educación y Universidades como el propio José Miguel Pérez, que fuera responsable del área en los cursos investigados por la Audiencia de Cuentas, hicieron una serie de alegaciones que en ningún caso alteró el contenido del informe. En lo tocante a la contratación de los servicios de comedor, Pérez argumentó que los centros de enseñanza tienen "autonomía de gestión", de modo que son estos, "por tanto, los que contratan el servicio, limitándose la consejería a regular los criterios de acceso a la subsidiación de la cuota". Sin embargo, el órgano fiscalizador recuerda y responde al exvicepresidente del Ejecutivo autonómico que "aunque las competencias se encuentren delegadas en los centros docentes, como serían las facultades inherentes a la contratación, la Consejería de Educación conserva la responsabilidad de las decisiones o actuaciones que se adopten por aquellos" de acuerdo con la ley de régimen jurídico de las administraciones públicas y del procedimiento administrativo común.
Por su parte, la dirección general informó a la institución dependiente del Parlamento de que se está trabajando en la redacción de un acuerdo marco para la aprobación de los pliegos tipo de contratación. La Audiencia contesta que, por tanto, la consejería confirma así su recomendación: "que se concluya el proceso de elaboración del acuerdo marco iniciado por la Consejería de Educación". En definitiva, la institución que preside Rafael Díaz Martínez hace hincapié en varios puntos de su informe en que aunque los centros dispongan de autonomía de gestión, "las adquisiciones que realicen deben estar sujetas a la legislación de contratos del sector público".
