La Comisión de Investigación de Accidentes e Incidentes de Aviación Civil (CIAIAC) ha revisado con detenimiento las grabaciones que hay en los registradores de vuelo, DFDR (de parámetros de vuelo) que tiene datos correspondientes a más de 100 horas, y el registrador de voces en cabina (CVR) que tiene registrados los 32 minutos anteriores al momento del accidente.

El análisis consideró que los pilotos usaron los procedimientos, "pero, por factores como pudieron ser la interrupción que supuso la vuelta al estacionamiento de la aeronave, la presión por el retraso sobre el horario programado o deficiencias en los métodos empleados en cabina", no se cumplieron estrictamente, lo que eliminó "la protección de seguridad" que los procedimientos proporcionan.

Asimismo, los datos de la investigación indican también que el sistema encargado de advertir a la tripulación de la configuración inadecuada para el despegue, conocido como TOWS, no funcionó.

El TOWS es el sistema de advertencia de configuración inapropiada para el despegue de la serie MD-80 y está programado para que se alerte a los pilotos de que tanto los"flaps", como los "slats", el compensador del estabilizador horizontal (“trim”), y otros elementos del avión, no han sido correctamente seleccionados para el despegue.

A juicio de la Comisión, la comprobación del sistema previa al vuelo podría haber detectado el posible fallo, o al menos hubiera aumentado las posibilidades de detectarlo, e indica que los procedimientos de Spanair no estipulaban que la comprobación del sistema debía hacerse siempre antes de cada vuelo.

Las grabaciones del registrador de voz en cabina (CVR) revelan que se omitió el paso de selección y comprobación de luces, de flaps/slats, tras poner en marcha los motores.

No obstante se puede escuchar en la CVR al copiloto realizar la última comprobación antes del despegue, aunque el informe de la Comisión considera que "la comprobación de los final items no significó una comprobación real de las indicaciones en cabina".

Esta conversación entre los pilotos, grabada en la caja negra del aparato, se filtró a los medios de comunicación el pasado mes de mayo: "¡Vuélalo, me cagüen la mar, mierda!", son las últimas palabras del comandante al mando de la tripulación del vuelo.

En la cabina del aparato había tres personas: el comandante, el copiloto y una tercera que no ha sido identificada, pero que parece un pilar fundamental en el asunto, según las conversaciones que se hicieron públicas. Minutos antes del siniestro, esta tercera persona pregunta al copiloto si los mecánicos habían cambiado el relé del avión que había obligado a abortar el primer despegue.

Cuando se entera de que no lo han cambiado, sino que lo han quitado no sale de su asombro. "¡Cómo van a quitar el relé!" exclama. Después le explican que, además, han bajado la temperatura de la sonda de la aeronave con hielo. Su respuesta es: "la temperatura volverá a subir, es un parche lo que han hecho ahí".

Sólo unos instantes después, el copiloto coge los mandos para el despegue pero suena la alarma en la cabina porque los dispositivos para despegar -los flaps y los slats- no están desplegados, aunque no caen en la cuenta y se escucha: "¿Cómo coño se quita la voz?".

Desde el 4 de agosto de 2009 la investigación del accidente ha ido completando algunos aspectos pendientes de la misma, analizando los elementos materiales recuperados, el funcionamiento de las estructuras, la supervivencia en el lugar del accidente y la coordinación de los servicios aeroportuarios.