El juicio, que comenzó en octubre de 2008 sigue tener una resolución judicial definitiva. Ante el juez han declarado bomberos del Ayuntamiento de Madrid, médicos del Samur, jedes de Sala del 112, miembros del Centro de Coordinación (MCC) de Spanair, seis testigos de la catástrofe entre los que figuran una azafata de Iberia que presenció desde otro avión el impacto del vuelo JK-5022, un técnico de mantenimiento y varios trabajadores de la compañía Newco, que se ocupa del servicio de asistencia en tierra, encargados del respostaje del avión, varios agentes de la Policía Nacional que participaron en el salvamento de las víctimas y en la recogida de objetos en el escenario de la catástrofe, entre otros.

El juez imputó los 154 delitos de homicidio imprudente y otros 18 de lesiones imprudentes (los heridos) al mecánico de Spanair Felipe G. R. y al jefe de mantenimiento de la compañía en el aeropuerto de Barajas, Jesús T. A.

El piloto y el mecánico que revisaron una avería en Barcelona el día anterior al del accidente, sostuvieron en su declaración en diciembre de 2008, que la incidencia detectada en la en la sonda de temperatura (RAT) no era la misma que obligó el día del accidente a abortar el primer despegue en Barajas. Pero, los letrados sospecharon que las declaraciones podrían estar "dirigidas" con el objetivo de exculpar a sus compañeros de Madrid.

Varios peritos elegidos para la comisión que estudiaría el caso no cumplían los requisitos de imparcialidad, el juez Javier Pérez solicitó un peritaje a la Agencia Europea de Seguridad Aérea (EASA) que consideró que no era de su competencia, por lo que la formación de dicha comisión se retrasó hasta un año y tres meses después de que ocurriera el siniestro, y quedó finalmente integrada por dos ingenieros aeronáuticos superiores, dos ingenieros técnicos y dos peritos.

La Comisión de Investigación de Accidentes de Aviación Civil (CIAIAC) ha comunicado que el informe definitivo que se espera entregar a las partes implicadas antes de finales de año para que realicen las alegaciones que crean oportunas, así como sus comentarios.

Asimismo, deben llegar el magistrado varios informes técnicos-periciales de las partes personadas en el procedimiento y, previsiblemente, en el juzgado continuarán las testificaciones de emergencias y los servicios de mantenimiento.

La compleja investigación judicial suma ya más de 46 tomos con 11.300 folios. Además, el Tribunal Superior de Justicia de Madrid (TSJM) ha asegurado que hay abiertas en el procedimiento 45 piezas separadas con varios miles de folios más, que tienen una notable complejidad técnica.

Los afectados piden más agilidad en la causa judicial y piden más acusados en el caso porque consideran que hubo descoordinación entre Aena y los equipos de emergencias en los primeros momentos del rescate. El vicepresidente de la Asociación de Afectados, Juan Andrés Sánchez, señala que probablemente el juicio sobre el accidente se celebre en el plazo de dos años. "Cuatro años es un tiempo suficiente para saber qué ocurrió", puntualiza.