España arrastra desde antes de la Guerra Civil la pena de no alcanzar el propósito de una gran flota en condiciones. El ministro Salvador Carvia lo intentó en 1930, y reaparece el expediente con Carrero Blanco en 1939. En el cuarenta empiezan a tramitarse los proyectos en el Archipiélago, a la vez que Hitler pedía Gran Canaria como base para su 'imperio' africano.

En septiembre de 1939 se aprueba la Ley de Construcciones Navales. Tras ello, Carrero Blanco hace un estudio nacional de bases navales donde aparece la necesidad de crear una en las Islas Canarias. En 1940, finalmente, se le da el visto bueno a la Comandancia Naval de Canarias y con posterioridad se crea la Base Naval con la ocupación de la explanada y muelle Virgen del Pino. El proyecto aprobado incluye un atraque para una flotilla de doce submarinos, con la expectativa de un suministro tecnológico por parte del III Reich de Adolf Hitler. La infraestructura del Arsenal iba a estar vinculada a otra más ambiciosa: la red de túneles del cuartel Manuel Lois, cuyos proyectos (polvorines, central eléctrica, almacén de torpedos y de minas, entre otros) empieza a redactarse a principios de los cuarenta.

La frenética actividad militar para darle cuerpo a la defensa naval de España tenía, en paralelo, otro escenario. Las conversaciones diplomáticas entre Hitler y el ministro de la Gobernación de Franco, Serrano Suñer, sobre cuándo y cómo iba a participar España en la II Guerra Mundial al lado del Eje. Al Führer le interesaban muy poco las reclamaciones materiales del Generalísimo, y se centró en su idea de conseguir un gran imperio colonial en África central. Es el momento del interés del III Reich por el Archipiélago para apoyar su gran proyecto pannazi, y como consecuencia de ello la necesidad de mantener las Islas a salvo de una invasión de Gran Bretaña.

El historiador de la ULPGC Juan José Díaz Benítez registra la negociación en el Boletín Millares Carlo (2002, 21), a partir de los Documentos Diplomáticos Alemanes, y bajo el título "Colaboración Hispano-Alemana para la Defensa de Canarias. El viaje del capitán de fragata Krauss". Díaz subraya que Hitler y su ministro Ribbentrop dudan de que las Islas sean capaces de defenderse frente a los británicos, y sugieren a Serrano Suñer la posibilidad de establecer sus tropas en Gran Canaria. El cuñado de Franco no está de acuerdo y expone la capacidad de efectivos de la plaza de Canarias. Los alemanes desconfían y piden conocer el terreno directamente. El resultado fue el desembarco en Gran Canaria del capitán de fragata Kauss a través de un vuelo de Iberia el 12 de diciembre de 1940. Sería el primer informe de los alemanes sobre la situación defensiva de las Islas, tal como aparece en formato copia de notas del Archivo Intermedio Militar de Canarias, con sede en Tenerife. Las sugerencias de los mandos grancanarios, con el capitán general García Escámez al frente, fueron interpretadas por Krauss en un informe de 19 páginas. A Canarias sólo llegaron unas cuatro baterías renqueantes.

El armisticio italiano de 1943, con la caída de Benito Mussolini, hace que Franco refuerce el giro neutralista comenzado en el verano de 1942 y que clausure aparentemente cualquier suministro a submarinos del III Reich en el Puerto de La Luz, tal como ocurrió a principio de los cuarenta. El hundimiento y posterior reflote de un U-167 nazi en la zona de Las Burras, en el sur de Gran Canaria, precisamente en 1943, fue uno de los casos más llamativos tras airear el Estado su neutralidad. La Armada, entretanto, no renunciaba, pese a las primeras sombras sobre la victoria de Hitler, a un proyecto tan descomunal como los casi 8.000 metros cuadrados del barranco de Tamaraceite, llamado de Guanarteme por los militares. La infraestructura era la adecuada para la necesaria protección de la munición pesada para submarinos y otros buques. La ilusión por levantar en el Arsenal una base de submarinos bunkerizada se difuminaba, especialmente cuando Hitler pierde su interés por Canarias como punto estratégico para su campaña militar, y además cuando ya no hay posible ayuda tecnológica o armamentística.

Aparte de la clave de la necesidad defensiva, el historiador Sergio Millares subraya que no hay que olvidar que Franco es un dictador, y como tal quería "convertir toda España en un cuartel, era su visión militar del mundo". ¿Canarias era una pieza exquisita para el mejor postor? Franco no tragaba a los nazis, y de hecho los llamaba negrillos, apodo que pidió para referirse a ellos en los documentos secretos.

El capitán de fragata Krauss, que recorrió los puestos defensivos de Gran Canaria, es conocido así en los documentos militares (Archivo Intermedio Militar de Canarias), afirma Díaz Benítez. Pero con todo, una insistencia de Gran Bretaña sobre las Islas hubiese llevado a una decisión estratégica de mal menor: permitir al III Reich tener su nido en la Base Naval. Otro de los enigmas históricos es de dónde salió el dinero para abrir los túneles del cuartel Manuel Lois en los años del desabastecimiento, o la mano de obra para acometer los largos pasillos.