Más del 10% de los ingresos de Emalsa entre 2007 y 2011 procedieron de las cuotas de reposición, venta y mantenimiento de contadores y derechos de empate, un porcentaje bastante alto comparado con otros municipios, como por ejemplo, la de Telde, cuya percepción por ese concepto no llega al 5% de sus ingresos. Emalsa ingresó durante el quinquenio auditado por el Tribunal de Cuentas, 24,9 millones por la reposición y venta de contadores. En 2008 se batió un récord con una entrada de 6,3 millones, lo que supuso un 12,69 del total. El número de contadores creció en 6.375 en el quinquenio fiscalizado.
El 78,91% de los ingresos totales que tuvo Emalsa proceden de la venta de agua, el porcentaje más bajo de las de empresas de Gran Canaria, en las que más del 80% de sus ingresos proceden de la facturación. Así, en Telde, la venta de agua supuso un 85,2% de sus ingresos totales; en Arucas, más de un 94%; en San Bartolomé, un 83% y en Santa Brígida, alcanzó el 96%. Otro notable 8,15% de los ingresos de la compañía provino de las subvenciones que da el Estado para mitigar el gasto de combustible en la producción de agua desalada. En el quinquenio recibió un total de 19,7 millones por esta ayuda contemplada en el Régimen Económico y Fiscal (REF) que los últimos gobiernos de España han reducido a su mínima expresión y se encuentra en peligro de desaparición. Los ingresos de la compañía oscilaron entre los 50,3 millones de 2007 y los 47,03 de 2011. Pese a que el periodo auditado es anterior, el informe de fiscalización hace mención al proceso de intervención administrativa de la concesión de Emalsa, que se prolongó entre el 17 de marzo de 2014 y el 17 de septiembre de 2015. El auditor atribuye la intervención a las "dificultades surgidas para ejercer debidamente, por el Ayuntamiento, la supervisión del servicio. "La indefinición del pliego de cláusulas administrativas particulares del contrato con la empresa, al no determinar el mecanismo para llevar a cabo el control administrativo sobre la prestación del servicio, no favoreció el ejercicio de dicha supervisión", dice.
