Antonio Pildain y Zapiain fue elegido Obispo de Canarias el 18 de mayo de 1936, pero su consagración no se produjo hasta el 14 de febrero de 1937 en Roma, donde residió durante los primeros meses de la Guerra Civil. En ese tiempo, en las negociaciones del gobierno golpista con el cardenal Gomá, era una prioridad impedir la consagración definitiva de Pildain como Obispo de Canarias. Pío XI no accede y promueve, con toda la celeridad que le fue posible, la partida del Obispo hacia Canarias. Llega a Las Palmas de Gran Canaria el 19 de marzo de 1937 y a los pocos días iniciaba una ingente tarea que se prolongaría durante 22 años: salvar vidas y amparar a las familias de las víctimas y los presos a causa de la represión tras el golpe de Estado. Este compromiso irrenunciable con los perseguidos fue percibido por las autoridades de la dictadura en las Islas como una clara deslegitimación del Régimen.
Sobre el proceso de represión en las Islas, las asociaciones canarias calculan que el número total de desaparecidos asciende a 3.600, la mayoría arrojados al mar. Registrados hay 535 y de ellos 345 fueron asesinados en Gran Canaria, 92 en Tenerife, 81 en La Palma y 17 en la Gomera. Existen 18 fosas, cinco se encuentran en Gran Canaria, tres en La Palma y el resto en Tenerife. Los lugares de reclusión en Gran Canaria eran la prisión provincial de Barranco Seco, con capacidad para 90 personas y en la que fueron recluidos 538 hombres y 16 mujeres. El campo de concentración de la Isleta, abierto el 31 de julio de 1936, que llegó a albergar hasta el 13 de febrero de 1937 a 1.145 presos. El 15 de febrero fueron trasladados 1.012 de ellos al Lazareto de Gando, propiedad del Cabildo y cedido al ejército para su uso como penitenciaría militar. Este contingente, sumado a los que ya se encontraban allí en tareas de acondicionamiento, eleva a un total de 1.111 las personas encarceladas, en condiciones penosas a todos los niveles, en el momento de la llegada de Pildain a la Diócesis. El Lazareto fue clausurado el 14 de octubre de 1940, año en el que en torno a un millar de presos fueron enviados a un nuevo recinto en el barrio capitalino de Guanarteme.
En menor medida, el castillo de San Francisco también fue utilizado como centro de reclusión. Las "sacas" y las detenciones se producen en los municipios más poblados: Las Palmas de Gran Canaria, Arucas, Telde, San Lorenzo, Galdar y Guía, sobre todo entre jornaleros y asalariados que trabajan en la agricultura, muchos de ellos analfabetos y padres de familias numerosas, con una media de siete hijos por matrimonio.
Las cuadrillas de asesinos o "brigadas del amanecer" las integran empleados y capataces de empresas de la burguesía exportadora y algunos propietarios agrarios afines al golpe militar, miembros de Acción Ciudadana, falangistas, guardias civiles y militares de paisano. Estos últimos fueron el principal poder fáctico y oficial en las Islas durante la guerra y buena parte de la dictadura.
Cuando Pildain llega a la Diócesis, el Vicario Capitular era Pedro López Cabeza y el Secretario del Obispado, Alejandro Ponce Arias. La represión se había intensificado desde diciembre de 1936. El 18 de marzo se produjeron detenciones en el Norte de Gran Canaria, 40 de ellas en Arucas. Antes de la llegada de Pildain a la Diócesis, fueron fusilados, con condena de tribunal militar, 42 personas en 1936 y 19 en 1937. Posteriormente la cifra se redujo de forma considerable: 1 en 1938 y, finalizada la Guerra, un total de 9 entre 1940 y 1948. En la lucha contra la represión Pildain no estuvo solo. Contaba con un amplio grupo de personas, entre las que podemos citar a Ignacio Domínguez, párroco de San Gregorio en Telde, capellán del penal de Gando y enlace con el Obispo en relación con las necesidades de los presos y sus familias. Juan Nuez, párroco del Valle que durante años se ocuparía de la subsistencia de las familias de los desaparecidos de Agaete. El párroco de Cardones, Morales Déniz, quien, armado de pistola, hizo guardia en el campanario de su parroquia para evitar la saca de aquellos de sus feligreses que integraban las listas negras, acogidos en el templo. El párroco de San José, que acompañaba al Obispo durante días enteros en su "vigilia" junto a la carretera del Sur, ante la posible aparición de camiones cargados de presos en dirección a Jinamar.
Luis de Saa, cónsul de Portugal, logró con Pildain el indulto de la pena de muerte a los 27 presos de Arucas que habían pasado 31 meses bajo la inminente amenaza de fusilamiento. Pedro Luzardo González, apodado "pan de Dios", brigada del Grupo Mixto de Artillería nº 3 de la Isleta, ascendido a alférez provisional durante la guerra y vecino del barrio, en la calle Lujan Pérez desde 1930. Rafael Vera, secretario del Obispo, fue desterrado por la dictadura durante dos años por sus alocuciones en Radio Catedral. Y muchos otros.
El 1 de abril de 1937 son detenidas 13 personas en Gáldar y, tres días más tarde, 28 en Agaete, donde tenían lugar unas misiones populares. La mayoría eran jóvenes entre 18 y 30 años, jornaleros o trabajadores que vivían de buscar leña en Tamadaba. El día 5 de abril, el Obispo se traslada a Agaete a instancias del párroco Manuel Alonso Luján. Durante algún tiempo lo hizo a diario, para participar en las misiones y preparar las primeras comuniones de los niños de la parroquia. Pildain se encontraba rezando ante el Sagrario, cuando se le acercaron dos mujeres acompañadas de dos niñas. Una de ellas era Pino Cabrera Herrera, nacida en Agaete en 1904. Le contaron lo que había sucedido en el Valle la noche anterior, el 4 de abril de 1937, fecha que permanece en la memoria colectiva del pueblo de Agaete. Tras escucharlas, mandó llamar al párroco, que no supo responderle o lo hizo con evasivas. Pildain se levantó, pidió un coche y se fue directamente a las dependencias de la calle Luis Antúnez en las Alcaravaneras, barrio de la capital grancanaria donde se concentraba a los detenidos para ser interrogados y torturados. Sin embargo, ya habían salido hacia el Sur de la Isla en el camión de Eufemiano Fuentes, conocido tabaquero grancanario. Para ellos, Pildain había llegado demasiado tarde.
Entre el 5 de abril de 1937 y la noche del 18 de octubre de 1959, previa a la ejecución de Juan García "El Corredera", el Obispo de Canarias mantuvo una lucha permanente en defensa de las víctimas de la dictadura. Su primer logro se produce precisamente en Agaete, donde estaba prevista una segunda saca. Durante la celebración de las primeras comuniones, se había preparado en la plaza del pueblo un desayuno para los niños. En ese momento el Obispo tuvo noticia de quién era la persona responsable de la detención de más gente aquella noche. Lo invitó a desayunar y al final de la conversación, el sujeto rompió la lista delante del prelado.
A partir de ese momento, el Obispo emplearía todos sus recursos para impedir las sacas, lograr el indulto de los condenados a muerte, liberar presos gubernativos e impedir, en lo posible, el funcionamiento del Tribunal de Responsabilidades Políticas en Las Palmas. Escribe cartas, envía telegramas, llama por teléfono, solicita entrevistas de modo permanente comprometiendo a amistades, personas cercanas y altos cargos del Régimen en las Islas y en el Estado.
Son frecuentes sus visitas a la cárcel de Barranco Seco, donde los reclusos se reunían con él formando corro en uno de los patios, exponiéndole su situación y encargándole recados y gestiones. Estuvo al menos dos veces durante la Cuaresma de 1938 y 1939 en el campo de concentración de Gando, donde procede del mismo modo. Organiza las actividades de preparación para la Pascua y reparte diversos bienes y dinero entre los presos. Viaja a Madrid con frecuencia a realizar gestiones con éxito desigual, aunque era frecuente ver en la calle las continuas muestras de gratitud al prelado por los beneficios obtenidos para los represaliados y sus familias. El modus operandi del Obispo era siempre el mismo. En primer lugar, un ruego suplicante a favor de uno o varios de "sus diocesanos", que era el modo como se refería a los represaliados. Si no obtenía los resultados previstos, la apología, en ocasiones violenta, enardecida y vehemente "en defensa de nuestro pueblo".
En la pastoral inédita de Pildain, el propio Obispo narra en primera persona las gestiones que tuvo que realizar para lograr los indultos. Revela "la angustia mortal en su alma, la tragedia que se cernía sobre la parroquia de Arucas. La de sus 27 obreros condenados a muerte por haber volado el puente de Tenoya". La mayoría eran del barrio de La Goleta y sus familias comprueban a diario cómo en Las Palmas se cierran todas las puertas. Excepto las del Obispado. Las gestiones del Prelado tienen éxito y son muy celebradas con emocionantes escenas de gratitud en los salones del Obispado, solo comparables a las del propio barrio de La Goleta.
Pildain es consciente de la importancia de las intervenciones a favor de sus diocesanos. Lo expresa en la pastoral inédita de este modo: "desde nuestra llegada fueron pocos los condenados a muerte y ejecutados". Vuelve a reivindicarlo ante la Nunciatura en el contexto del conflicto surgido a raíz de la visita del dictador a Canarias y el cierre de la Catedral. "Podemos afirmar que desde nuestra entrada en esta Diócesis fueron pocos los condenados a muerte llevados a la ejecución. Hay tres cuyo recuerdo nos acibara el alma todavía: un matrimonio anciano implorando por su hijo, una madre con sus seis hijos, el más pequeño en brazos y una joven recién casada. Iban a ser fusilados a la mañana siguiente?"
Del mismo modo relata Rafael Vera que se presentan en el obispado siete madres con sus hijos famélicos llorando porque iban a fusilar al día siguiente a sus maridos e hijos, acusados de "pasarse al otro bando", cuando la verdad era que habían sido hechos prisioneros. El Obispo realiza sus gestiones desde el Seminario, única institución diocesana con teléfono en ese momento. Llama al Ministro de Justicia, que le remite al Capitán General de Canarias, Vicente Valderrama, como el único con facultades para suspender la ejecución. Telefonea a Tenerife y logra hablar con él a la una de la madrugada. Vera relata así el final de la conversación del Obispo con el militar "Aquí los llamados rojos mataron a cuatro (soldados de reconocimiento en La Isleta a los que dispararon desde las azoteas), pero los otros asesinaron a centenares".
Tampoco tuvo éxito en la solicitud de indulto realizada el 26 de noviembre de 1939, a favor del Teniente Coronel Baraibar y el Gobernador Civil Roig Boig, fieles a la República y condenados a muerte en Consejo de Guerra. En relación con la atención a los presos, el Obispo hizo dos visitas al Penal del Lazareto de Gando, en 1938 y 1939. Entraba en el patio sin escolta, acompañado únicamente por un sacerdote. Había rechazado enérgicamente cualquier tipo de protección armada ante la posibilidad de una agresión. Recorre las naves, habla con numerosos reclusos, se interesa por su situación personal y familiar, y se presta a realizar todo tipo de gestiones. Poco después tuvo lugar una celebración religiosa. A raíz de la visita, en el Obispado comenzó a recibir numerosas cartas, visitas y demandas de los presos y sus familias, iniciando "aquella gigantesca y sorda labor de la que poco se ha hablado para gestionar la libertad de detenidos, que sin ser sometidos a proceso, se eternizaban en el encierro".
Los presos quedaban impresionados por Pildain, su sencillez humana, talante abierto, afable, acogedor y fraterno, lo que explica su gran popularidad en los años venideros. La visita a Gando tuvo una enorme resonancia en la sociedad grancanaria. La mayoría de los detenidos lo estaban en calidad de presos gubernativos, no estaban sometidos a procesos. A disposición de las autoridades, su estancia en la cárcel se alargaba indefinidamente. Del mismo modo, muchos de ellos podrían integrar las purgas y sacas indiscriminadas, a las que "logró poner fin precisamente la tenaz, pugnadora y valiente intervención del Obispo Pildain". En este sentido y en colaboración con el Cónsul de Portugal, Luis de Saa, logró la liberación directa de unos 50 detenidos en el Lazareto. Todo ello era de general conocimiento en el Penal de Gando, cuando el Obispo regresó en 1939.
Cuando comenzó el proceso de liberación de los presos gubernativos, confinados en las prisiones de las Islas, las autoridades exigían a sus familias la presentación de certificados de buena conducta como requisito indispensable. Solo podían expedirlos la Guardia Civil o los párrocos. En este sentido, Pildain dio instrucciones al clero diocesano para que no se negase absolutamente a nadie el citado documento, que debía ser expedido con absoluta celeridad. Estos hechos explican en gran medida la animadversión de las autoridades militares y civiles en las Islas hacia el Obispo, que se manifestarían con virulencia posteriormente, en una campaña difamatoria, con motivo de la visita del dictador a Gran Canaria en 1950. Sin embargo, del mismo modo, la imagen del Obispo, quedaba "grabada con rasgos legendarios en la memoria histórica del pueblo canario".
La leyenda se acrecienta con el episodio ocurrido en 1937, cuando los 21 presos de Arucas recluidos en la Prisión Provincial de Barranco Seco eran trasladados en camión para arrojarlos por la Sima de Jinámar. A la altura de la parroquia de San José, donde Pildain pasaba días enteros en previsión de lo que pudiera ocurrir, detiene la comitiva y la hace regresar a la cárcel.
