Juan Fernando López Aguilar es mencionado por la embajada de Estados Unidos en España como uno de los ministros que intervino entre 2005 y 2006 para intentar el archivo judicial del llamado caso Couso, que se investigaba en la Audiencia Nacional contra los soldados norteamericanos que dispararon y causaron la muerte del cámara español de Telecinco José Couso en Bagdad, en 2003, durante la segunda guerra de Irak. El nombre del ex ministro canario de Justicia y actual eurodiputado del PSOE aparece en los informes de Wikileaks que han sido filtrados y están siendo publicados en España el diario El País.

Según este informe, el embajador de EE5UU en Madrid en esa época, Eduardo Aguirre, presionó al Gobierno español para frenar el caso Couso y obtuvo respuesta positiva en ese sentido de López Aguilar, así como de la vicepresidenta primera, María Teresa Fernández de la Vega, y del ministro de Asuntos Exteriores, Miguel Ángel Moratinos. Además de López Aguilar, también aparece mencionado el entonces secretario de Estado de Justicia, Julio Pérez, hombre de confianza del ministro y también de procedencia canaria, como una de las personas que mediaron en su ámbito para frenar el proceso judicial del caso Couso.

Los informes secretos que ahora han salido a la luz aseguran que López Aguilar fue el primero de los ministros en llamar al embajador norteamericano para tranquilizarle sobre la actitud del Gobierno español en relación con la investigación abierta por el juez Santiago Pedraz contra los autores de la muerte de Couso. La resolución de Pedraz, del 19 de octubre de 2005, incluía una orden de arresto internacional y de extradición a España de los tres militares norteamericanos implicados. Los papeles de Wikileaks desvelan que tras esa resolución, López Aguilar llamó al embajador para asegurarle que "el Ejecutivo pondría todo su empeño en cuestionar la decisión basándose en argumentos técnicos", según el relato de un telegrama confidencial de la legación norteamericana en Madrid fechado el 21 de octubre de ese año.

Tras López Aguilar, sería Moratinos el siguiente en ponerse en contacto con Aguirre para afirmarle que "si el magistrado arreglaba las cuestiones técnicas, el Ejecutivo pasaría a apelar la resolución" y recalcando que la vicepresidenta De la Vega estaba "implicada en el tema". Con esta información en su poder, el embajador envió un nuevo telegrama a Washington señalando que "los ministros españoles están trabajando para que no prosperen las órdenes de detención internacional" y que aunque públicamente ambos ministros mostraban su respeto por la independencia de los tribunales y de los jueces, se habían "movido rápidamente" tratando de influir en la judicatura española, ferozmente independiente", para archivar el caso.

Supuestamente, la consecuencia de las actuaciones de López Aguilar y los otros ministros tendría que ser la provocar un recurso de la fiscalía contra la resolución del juez Pedraz, que efectivamente se produjo. Según los datos que ahora se publican, un día después de las llamadas de los ministros al embajador Aguirre, el fiscal general del Estado, Cándido Conde-Pumpido, anunció públicamente que el ministerio público se opondría a la resolución del juez tanto por entender que había falta de indicios contra los tres soldados americanos como por considerar que la justicia española carecía de jurisdicción sobre el caso. Esta posición se concretó con la presentación del recurso el 20 de octubre.

El 10 de marzo de 2006, la sala segunda de la Audiencia Nacional archivó el caso Couso y revocó las órdenes de detención internacional contra los militares afectados.

Tras el archivo del caso, la familia de Couso apeló al Tribunal Supremo, que le dio la razón y ordenó a la Audiencia Nacional reabrir el caso en diciembre de 2006. Esta nueva situación provocó una nueva ofensiva de la embajada de EE UU en España para intentar desactivar el proceso y menciona en varios telegramas más que "respetadas figuras de los ministerio de Justicia e Interior y en La Moncloa" comparten los puntos de vista de EE UU. Para esas fechas, abril de 2007, López Aguilar ya habría abandonado el ministerio al ser designado candidato del PSC a las elecciones autonómicas del mes siguiente.

López Aguilar reconoció ayer que habló en distintas ocasiones con el embajador Eduardo Aguirre y que le constaba la preocupación del Gobierno norteamericano por el proceso del caso Couso, pero asegura que su intervención y la que le consta del resto del Gobierno a este respecto se limitó a "explicar" al embajador "el funcionamiento y los procedimientos de la justicia española, ante la que es imposible ningún tipo de injerencia por su propia naturaleza y que actúa siempre con total independencia. La versión expresada en esos papeles no es una verdad incontestable. Son versiones de parte e interesadas".