El comunista Andreu Nin, asesinado probablemente el 22 de junio de 1937, se convirtió en otra pieza probatoria de que Negrín gobernaba bajo los dictados de Stalin. El dirigente del POUM, un partido rechazado por la ortodoxia soviética, desapareció tras ser torturado en una checa bajo la acusación de colaborar con una red de espionaje a favor del ejército de Franco. El agente moscovita Alexander Orlov prefabricó pruebas y convenció a las autoridades republicanas de que Nin era un chivato. El POUM, ciertamente, chocaba con las pretensiones de la jefatura de Gobierno de Negrín, dispuesto a poner punto final a las escaramuzas a punta de pistola de sectores incontrolados de la propia república. La formación de Nin había sido ilegalizada después de una notable balacera en mayo, en Barcelona. Promovía una revolución bolchevique formato 1917, y para ellos el Frente Popular no era nada más que un instrumento de la burguesía que había que combatir con las armas.

¿Siguió el médico grancanario las consignas de los agentes de Stalin y de elementos del PCE para fulminar a Andreu Nin? "Negrín no fue cómplice del secuestro de Nin ni, sobre todo, de su asesinato. Echó tierra sobre el asunto pero en las circunstancias extraordinarias de la guerra, en la que la ayuda exterior se reducía a la URSS, hasta el católico ministro nacionalista vasco Irujo acabó teniendo que mirar hacia otro lado, aunque con repugnancia", afirma Ricardo Miralles en El Combate de la Historia (editorial Pasado y Presente), también conocido como Contradiccionario.

Las oscuras circunstancias de la muerte de Nin fueron parte de la munición de facciones republicanas para desprestigiar al científico, críticas, cómo no, que recogió en bandeja la historiografía neofranquista para demonizarlo. Negrín llegó a la Presidencia para "reconstruir el Estado y restaurar su autoridad", según sus propias palabras. El orden público en la retaguardia era caótico, y la supervivencia dependía de alguna influencia de última hora, aparecida de imprevisto ante un pelotón de fusilamiento integrado por una guerrilla variopinta. Azaña, subraya Miralles, reconoció la tempestad de Negrín en el empeño: "No sólo el Ejército se ha reconstruido [sino que] se ha rehecho el sistema entero de gobernación", afirmó en referencia a su labor.

El autor del ensayo La leyenda sobre Juan Negrín y sus seis acusaciones no rehúye la falta de espíritu investigador del gabinete negrinista sobre el caso Nin. "Es posible que, como dice Prieto [Indalecio], fuera Negrín el responsable de suspender las averiguaciones, pero no lo es menos que el resto del gabinete aceptó evitar una crisis por lo que Negrín acabó calificando como hecho menor". La eliminación del POUM era una de las obsesiones del PCE, siempre paranoico y a remolque de las directrices de la URSS. ¿Cayó Andreu Nin como consecuencia de esta atmósfera criminal? Parece que Negrín, a tenor de lo expuesto por Miralles, no estaba dispuesto a poner patas arriba el apoyo de Stalin con la apertura de una purga para conocer la verdadera intrahistoria de la detención, secuestro y asesinato de Andreu Nin.

Una razón de Estado, en todo caso, que, según defiende Ricardo Miralles en su apunte biográfico del estadista canario, no le llevó a ser complaciente con las reclamaciones estalinistas de los comunistas. "Cuando llegaron la detención y enjuiciamiento de los principales líderes del POUM, y el proceso se produjo un año después, fueron condenados a causa de los hechos de mayo de 1937 [enfrentamiento de facciones republicanas en Barcelona] pero por atentado contra la autoridad pública y la legalidad, y en ningún caso por delitos de traición, y mucho menos de inteligencia con el enemigo, como clamaban los comunistas en sus publicaciones", esgrime el historiador.

La pérdida de la guerra contra Franco por el canibalismo de los propios republicanos fue una línea roja para Negrín. Y contra ello, pese al caso Nin, se entregó: eliminó las patrullas de control, sujetó en corto a la Generalitat de Cataluña, restauró las sesiones ordinarias semestrales de Cortes ante las que rendir cuentas, dispuso la unificación en un solo Ministerio de Defensa Nacional de todas las fuerzas armadas, repuso el Consejo Superior de Guerra y dinamizó el aparato diplomático del Estado con "el mantenimiento de las relaciones especiales con la URSS, de la que dependía el suministro de armas, y por otra abrir vías a una reorientación de la política exterior de Francia más favorable a la República y menos dependiente del Reino Unido", señala Miralles. "Sería absurdo centrar la labor gubernamental de Negrín en ese único episodio [el asesinato de Andreu Nin], por lamentable que fuera", concluye el historiador.