La identificación genómica del SARS-CoV-2 se ha consolidado como una tarea esencial para controlar el avance de la pandemia y conocer las nuevas variantes del patógeno. En Canarias comenzó a realizarse la secuenciación masiva del coronavirus en diciembre de 2020, en el Hospital Universitario Nuestra Señora de Candelaria, que es el centro de referencia de esta práctica. No obstante, desde el pasado marzo, la técnica también se desarrolla en el Hospital Universitario de Gran Canaria Doctor Negrín, donde el Servicio de Microbiología se encarga de analizar las muestras de los pacientes positivos en la afección del área norte de la Isla. El centro secuencia una media de 50 a la semana. Pero, ¿en qué consiste este proceso? Básicamente, en descifrar el material genético que posee el microorganismo. «En el caso del coronavirus es una hebra de ARN que tenemos que copiar y transformar en ADN para que, a partir de ahí, se pueda secuenciar», explica Francisco Javier Chamizo, Facultativo Especialista de Área del citado servicio.
Según detalla el experto, el siguiente paso se centra en descifrar la composición de nucleótidos que posee esa hebra, pues es lo que va a permitir determinar las diferentes variantes y observar si existen mutaciones que condicionen la transmisibilidad o constituyan una amenaza para la efectividad de las vacunas, un fenómeno que se conoce como escape inmunitario.
La actividad consta de dos partes: la húmeda y la seca. La primera contempla varios pasos técnicos, mientras que la segunda se basa en el análisis e interpretación de todos los datos. «Cuando hemos seleccionado las muestras que vamos a secuenciar, que se hace teniendo en cuenta la carga viral del paciente, entre otras consideraciones epidemiológicas, extraemos el material genético y procedemos a amplificar el genoma del virus dividido en múltiples fragmentos. Después, colocamos unos códigos que nos van a permitir diferenciarlos y saber a qué muestras corresponden. Así se conforman las librerías», detalla el profesional. Gracias a esta técnica, se secuencian 237 regiones del virus para cubrir el 99% del genoma. Hay que señalar que la parte técnica puede llevar dos o tres días de trabajo y que se necesitan otros dos para analizar e interpretar los resultados.
Lo cierto es que hay una serie de mutaciones que definen a cada variante y que tienen que estar presentes para saber de cuál se trata. «Tenemos que confirmar que las muestras presentan esas mutaciones para poder ponerles apellido», comenta el profesional.
La variante británica está presente en el 90% de los casos examinados por el centro desde marzo
Pero el proceso es complejo, ya que hay que averiguar cuáles pueden tener implicaciones a nivel epidemiológico. «Toda la información se comparte en una red mundial para que pueda ser estudiada y contamos con programas para detectar patrones, construir la estructura de la proteína del virus y localizar en ella las mutaciones. En el SARS-CoV-2, ponemos la mirada en el gen S, donde se encuentra la proteína Spike, que es la que está implicada en la unión del virus con las células. De este modo, podemos conocer si puede condicionar la transmisibilidad, porque el patógeno se une mejor, o si puede haber un potencial escape inmunitario», apunta.
¿Cuáles son las cepas más preocupantes? Según indica el microbiólogo, esto es algo que determina el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC) y la información sobre estas se actualiza constantemente. «Ahora mismo hay cuatro: la británica, la brasileña, la sudafricana y la hindú. Estas son las más importantes porque hay evidencias de que pueden ser más transmisibles o escapar de la inmunidad. Esto va cambiando y, de un día para otro, una variante puede pasar de ser de interés a ser preocupante, en función de cómo evolucione», recalca. También, el Ministerio de Sanidad ha solicitado a los profesionales de los hospitales que realizan la secuenciación masiva que vigilen el comportamiento de ciertas variantes para evitar que el conflicto epidemiológico se agrave.
Los resultados obtenidos hasta el momento han evidenciado que en la zona norte de Gran Canaria, al igual que en el resto del Archipiélago y el territorio nacional, la cepa que circula de forma predominante es la británica, pues representa el 90% de los casos estudiados. De hecho, ha habido ocasiones en las que este porcentaje se ha superado.
Prevalencia de las cepas
En este sentido, una de las dudas que surge entre la población pasa por entender por qué unas variantes prevalecen sobre otras. «Cada vez que se copia el material genético de un virus o una bacteria se van a producir errores. En la mayor parte de las ocasiones no provocan efectos, pero en otras, estos cambios pueden resultar beneficiosos y suponer una ventaja evolutiva frente a otros linajes», advierte el facultativo. Si bien puntualiza que en otros casos puede suceder lo contrario y, por ende, ser perjudiciales para el microorganismo.
Por lo que concierne a las repercusiones que pueden tener las nuevas cepas en los buenos efectos que han demostrado las vacunas, Chamizo enfatiza que se trata de un asunto que se debe analizar variante a variante. «Hay mutaciones que, en los estudios realizados in vitro, potencialmente pueden disminuir la capacidad de neutralización de la vacuna, pero es imprescindible observar este efecto en la vida real», apostilla. Esta información está publicada en la web del ECDC .
«Creemos que la incorporación de esta tecnología es algo muy positivo», indica Chamizo
Para el Servicio de Microbiología del hospital norteño, iniciar la carrera de la secuenciación masiva del SARS-CoV-2 ha supuesto todo un reto. El centro no tenía experiencia en esta nueva generación de la técnica, pero aplica el método de Sanger –más antiguo, pero muy preciso– para detectar las mutaciones que llevan a desarrollar resistencia a los antirretrovirales destinados a tratar la infección por VIH. Ahora, el propósito es extrapolar la nueva generación a otros campos. «Creemos que la incorporación de esta tecnología es algo muy positivo para el hospital y por eso luchamos por implantarla. Hace años, me formé en la secuenciación dirigida a bacterias, pero el fundamento de la técnica es el mismo», sostiene el especialista.
De hecho, una de las ventajas de utilizarla también para estudiar las bacterias es que podrían detectarse brotes intrahospitalarios. «Pensamos que esta actividad acabará realizándose en la mayoría de los servicios de Microbiología y, probablemente, dentro de unos años suponga un avance en el diagnóstico de infecciones que ahora mismo pueden constituir un reto, como las que causan los microorganismos no cultivables», agrega Chamizo.
El objetivo es extrapolar la nueva generación de la técnica a otros campos
A su juicio, secuenciar el coronavirus es una tarea imprescindible para emprender medidas de control antes de que una variante se instale en una zona geográfica concreta y, posteriormente, se vaya diseminando por otros países. «Los gobiernos han recomendado realizar esta práctica, precisamente, para impedir que esto suceda. Si se identifican variantes de interés o problemáticas que aún no circulan en España, por ejemplo, en el momento que lleguen podemos intentar localizar al paciente índice y tomar las medidas necesarias para intentar contener la dispersión en esa área», expresa el microbiólogo.
Cabe recordar que, desde enero del presente año, la Comisión Europea recomendó a las naciones secuenciar entre un 5 y un 10% de las muestras positivas de los pacientes. Ese mismo mes, el Ministerio de Sanidad del Gobierno de España aprobó el Protocolo de Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2, que incluye un documento elaborado por la Ponencia de Alertas, en colaboración con el Instituto de Salud Carlos III. A través de él, se ofrece una guía para identificar las nuevas variantes y la incidencia de estas.
Una tarea esencial
El Hospital Universitario de Gran Canaria Doctor Negrín comenzó a realizar la secuenciación masiva del SARS-CoV-2 desde el pasado marzo y, a finales de ese mes, obtuvo los primeros resultados. «Hace unos años recibí formación en el Hospital Universitario de La Paz, pero centrada en la secuenciación de bacterias. La pandemia de coronavirus ha hecho que ahora sea necesario aplicar la técnica para analizar las mutaciones del virus», explica Francisco Javier Chamizo, encargado de realizar esta tarea en el centro sanitario de referencia del área norte de Gran Canaria, junto con la técnica responsable del área de Secuenciación, Nereida González. Y.M.
