Las posibilidades de intervención genética en la producción agrícola han abierto un debate donde no siempre son fácilmente segregables las implicaciones éticas de los intereses empresariales. Frente a especialistas como Marcelo Rodríguez, que vislumbran un futuro inevitablemente transgénico en este ámbito, otros contemplan con cautela o directamente con rechazo la irrupción de la ingeniería genética en las tecnologías de la alimentación.
Las legislaciones también son divergentes. En la UE existe un veto a los transgénicos, pero esta prohibición alcanza además a la cisgénesis y al editado genético mediante CRISPR, procedimientos sustancialmente diferentes. Si la transgénesis supone introducir en los tomates genes de otras plantas con el objeto de buscar propiedades distintas, en la cisgénesis lo que se añaden son genes de otras variedades de tomates silvestres, por lo que no se cambia la esencia de la planta. Se trata de lograr más rápido nuevos híbridos que antes se conseguían mediante técnicas de polinización.
Finalmente está el editado genético, mediante el cual no se introducen genes en el tomate, simplemente se quitan algunos nucleótidos de sus genes que influyen en el sabor.