Las Islas Canarias cuentan con las condiciones óptimas para albergar en sus aguas una enorme diversidad marina. Tanto es así que el archipiélago cuenta con unas 700 especies de peces, 1.000 especies de crustáceos y 1.200 de moluscos, 80 de mamíferos y 5 especies de reptiles marinos.

Aunque las especies más conocidas son peces como la vieja, el congrio, las morenas o el cherne, también existe diversidad de algas y plantas, burgados, esponjas, estrellas de mar, centollos o cangrejos arañas, pero también las expediciones han encontrado corales espectaculares -negros pluma y blandos bola-, campos de esponjas de cristal, el pulpo blanco, la caracola pirámide y la ostra gigante son algunas de una veintena de especies vistas por primera vez en Canarias. También es el caso de la raya noriega, reencontrada para la ciencia en un área cercana a Fuerteventura, una especies que se consideraba ya extinguida o un tipo de pez de profundidad muy longevo, el pez reloj, que puede llegar a los 70 años de vida, y por tanto vulnerable por tardar mucho en reproducirse.

Canarias es un paraíso para los cetáceos, entre ellos el cachalote, considerado el animal con el cerebro más grande del mundo, puede llegar a pesar hasta 57.000 kilos. Es una de las especies más castigadas en peligro de extinción debido a la alta actividad humana visible en su hábitat. También se puede avistar fácilmente al delfín mular, una especie que llama la atención por su color gris oscuro. Pueden llegar a medir entre 2,5 y 2,7 metros y se alimenta principalmente de peces y cefalópodos. También los calderones, conocidos como ballenas piloto, suman aproximadamente 500 ejemplares entre aguas de La Gomera y Tenerife. Su cuerpo robusto puede llegar a medir casi 7 metros y puede ser visible en la zona de los Acantilados de Los Gigantes. Otro de los animales que frecuentan las aguas del archipiélago es la tortuga boba, un animal de gran tamaño cuyo nombre hace alusión a la facilidad con la que es capturada por los pescadores. Actualmente se encuentra en peligro de extinción y es asidua a Canarias por la calidez de sus aguas.

Entre las especies más peligrosas destaca el ratón o águila marina, que predomina en zonas arenosas y forma parte de las familias de los peces cartilaginosos como los tiburones. Las rayas suelen alimentarse de moluscos, crustáceos o peces y puede alcanzar el metro y medio de envergadura. También la cornuda o tiburón martillo, bastante común en la Gomera y algunas zonas de Gran Canaria. El Pez rata vive en fondos arenosos hasta los 200 metros de profundidad y puede verse en casi todas las islas. Hay que tener especial cuidado porque con sus espinas dorsales pueden producir descargas eléctricas. También las medusas, como la carabela portuguesa o aguaviva, son muy comunes en las islas, ya que suelen encontrarse en aquellas zonas con aguas templadas o cálidas. Sus picaduras suelen ser muy molestas y su mayoría requieren de asistencia para su cura.También es peligroso el erizo diadema, una especie es muy común en todas las islas por sus aguas templadas y se caracteriza por tener unas púas negras muy largas en su cuerpo.

Una rica biodiversidad que se ve seriamente amenazada, en solo cinco décadas Canarias ha perdido el 90% de la biomasa de sus peces. 50 años de sobreexplotación de la pesca, altos niveles de consumo, vertidos de aguas residuales y una exagerada ocupación de la costa, a la que ahora hay que añadir el cambio climático. De hecho, cada vez resulta más difícil encontrar algunas especies que solían nadar por aguas del Archipiélago, como la sardina de ley y los meros. A esto hay que sumar que en poco más de 15 años el Archipiélago ha perdido el 80% de sus macroalgas litorales.